Existem diversos grupos de muçulmanos, numerosas organizações Islâmicas com diversas tendências políticas e religiosas e várias orientações, nem sempre conciliáveis entre si.
Entre os grupos muçulmanos na Alemanha, o mais numeroso é o sunita. Cerca de 75% dos turcos que vivem no País são sunitas e pertencem quase exclusivamente à escola hanafita. Para eles, Maomé (Muhamed, morto em 632 d.C.) é o último profeta na linha de diversos profetas da tradição judaica-cristã, como Abraão, Isaac, Moisés, David, Elias, João e Jesus. Para os muçulmanos, o Alcorão contém a revelação de Deus sem omissões ou enganos, e assim, indica a seus fiéis o que Deus exige deles, como comportamento ideal. As escolas jurídicas apontavam regras de comportamento para os casos desconhecidos ao Alcorão. Na república kemalista, um organismo estatal (Diyanet) controla a interpretação religiosa, através de seus imâmes.
Além dos sunitas, existem os xiitas. Dividem com os sunitas e fé na revelação divina do Alcorão e os princípios da prática religiosa (isto é, os cinco pilares: shahada = profissão da fé em um só Deus e em Maomé como seu mensageiro; salat = oração 5 vezes ao dia; ramadão = jejum no mês do Ramadão; zakat = contribuição obrigatória para a comunidade religiosa; hadj = peregrinação à Meca no último mês do ano lunar islâmico), mas têm uma visão diferente da história do Islamismo: atribuem importância à sucessão de Ali (primo e genro de Maomé, morto em 661 d.C.) e de sua descendência na liderança da comunidade Islâmica. Tais líderes, denominados imâmes, (não confundir com os imâmes dos sunitas, que guiam as orações em mesquitas), são a máxima autoridade religiosa dos xiitas. O posto do imâme é hoje desempenhado por grupo de teólogos, que desde o século XIX são chamados aiatolás (= Ayat Allah = sinal de Deus). Um deles ocupa a figura do líder.
Outro grupo significativo são os alevitos. 15/20% dos trucos na Turquia e provavelmente também na Alemanha são alevitos e constituem uma importante minoria na população Islâmica turca. As cinco orações cotidianas, o jejum do mês do Ramadão e o hadj não fazem parte da prática religiosa. Não possuem mesquitas e se reúnem em salas, sem separação de sexos e sem um rito como a oração de sexta-feira, como sunitas e xiitas. O foulard não é um problema para as mulheres alevitas, que não costumam cobrir os cabelos.
Completando o quadro, na Alemanha existe também o Islamismo místico (com diversas variantes), e o grupo dos convertidos (irrelevante para os turcos, mas muito ativo nas organizações). É preciso também considerar que 55% do total dos turcos na Alemanha são secularizados.