Com o Islamismo como segunda religião na França, o Estado viu-se na condição necessária de ter um interlocutor que representasse as várias comunidades islâmicas presentes no território. Nasceu assim a iniciativa, em 1989, do então Ministro do Interior e dos Cultos, Pierre Joxe, de criar uma Consulta muçulmana que pudesse dialogar com o Estado.
Dez anos depois, em 1999, o ministro Chevenement preparou um inventário de todas as organizações que administram o culto muçulmano e as convidou a dialogar com o Ministério, para definir a forma da futura Consulta. Impuseram-se quatro principais organizações:
1. A mesquita de Paris e sua rede de Imames nomeados pelo governo argelino.
2. A União das Organizações Islâmicas da França, bem estruturada e com uma influencia que vai além da rede de mesquitas oficialmente filiadas.
3. A Federação Nacional dos Muçulmanos da França, que se tornou posteriormente um agrupamento essencialmente marroquino.
4. O movimento Tabligh, inicialmente muito incerto, porque preocupado em conservar seu caráter pietista, que participa, em mínima parte.
Somaram-se à Consulta duas outras populações muçulmanas: os turcos - cujas organizações historicamente sempre foram ativas na gestão do culto - e os africanos sub-Saharianos, com a Federação das associações islâmicas da África, das Antilhas e das Ilhas Comore.
Depois de identificar as organizações principais, foram escolhidas seis grandes mesquitas: Evry; Mantes-la-Jolie; a grande mesquita de Lion; a grande mesquita do Sul da França, em Marselha, a grande mesquita de Saint Denis, que ainda não foi construída, e a mesquita de Addavva, em Paris.
Enfim, o Ministério elegeu seis personalidades representativas.
O debuto da Consulta foi difícil. Desde 1999, 63 Comissões trabalharam na redação de um estatuto. Muitos problemas surgiram em função dos pedidos de todas as organizações de ter seus próprios representantes. Em 2002, após a pressão e o constante empenho do Ministro do Interior, nasceu finalmente o estatuto da Comissão, que estabelece as modalidades de eleição dos representantes do Conselho francês do Culto muçulmano. As primeiras eleições ocorreram em 6 e 13 de abril de 2003. A primeira reunião do Conselho de administração do Cfcm se realiza em 3 de maio. O Cfcm inicia sua atividade. E os muçulmanos, pela primeira vez, contam com uma representação na mesa da República.
O grande desafio do Cfcm é administrar e criar condições nas quais possa emergir uma teologia muçulmana que permita uma integração harmônica do Islamismo no espaço republicano laico. Ao mesmo tempo, o Cfcm deve considerar as exigências da base. Um problema de solução nada fácil com os muçulmanos leigos, por exemplo, que não reconhecem sua legitimidade.