Nachdem der Islam in Frankreich zur zweitgrößten Religion geworden war, empfand es der Staat als notwendig, einen Gesprächspartner zu haben, der die verschiedenen islamischen Gemeinden im Land vertreten sollte. Aus diesem Grund wurde auf Initiative des damaligen französischen Innenministers Pierre Joxe die Schaffung eines muslimischen Rates angeregt, der dem Staat als Gesprächspartner gegenüberstehen sollte.
Zehn Jahre später, ließ der Minister Chevenement im Jahr 1999 eine Liste aller Organisationen erstellen, die dem muslimischen Kult vorstehen, die daraufhin gebeten wurden, gemeinsam mit dem Ministerium die Form eines solchen Rates zu definieren. Hauptsächlich sind zunächst die vier größten in Frankreich tätigen Organisationen vertreten.
1. die Moschee von Paris und deren von der algerischen Regierung ernannten Imam
2. die Union der Islamischen Organisationen in Frankreich, die gut strukturiert ist und deren Einfluss über das Netz der offiziell assoziierten Moscheen hinausgeht
3. die Föderation der Muslime in Frankreich, in der sich im Laufe der Zeit vor allem Mitglieder aus Marokko zusammenschlossen
4. die Tabligh-Bewegung, die anfangs nur zögernd einwilligte und nur ein Mindestmaß an Beteiligung einbringt.
Dem Rat haben später zwei weiter muslimische Bevölkerungsgruppen angeschlossen: zum einen die Türken - deren Organisationen sich seit jeher um die Regelung des Kultes bemühten - und zum zweigen Afrikaner aus den Ländern südlich der Sahara, die sich in der Föderation der Islamischen Verbände Afrikas, der Antillen und der Komoren zusammenschließen.
Nachdem die wichtigsten Organisationen festgelegt worden waren, wurden drei große Moscheen ausgewählt: Evry, Mantes-la Jolie, Lyon, Marseille und Saint Denis, die noch nicht gebaut wurde, sowie Addavva (Paris).
Schließlich ernannte das Ministerium sechs Vertreter.
Der CFCM hatte eine schwierige Anlaufzeit. Seit 1999 hatten 63 Kommissionen an der Formulierung von Statuten gearbeitet. Viele dabei auftretenden Probleme betrafen Anfragen, der einzelnen Organisationen hinsichtlich der jeweiligen Vertreter. 2002 wurde auf Druckausübung und mit durch konstantes Engagement seitens des französischen Innenministerium kam eine endgültige Fassung der Statuten zustande, die Wahlmodalitäten für die Besetzung der Vertreterstellen im Französischen Rat für den muslimischen Kult (CFCM) festlegten. Die erste Wahl fand schließlich am 6. und 13. April 2003 statt. Die erste Vorstandsversammlung des CFCM wurde am 3. Mai einberufen. Damit beginnt die Tätigkeit des CFCM. Die Muslime waren erstmals am Tisch des französischen Staates vertreten.
Die große Herausforderung, der der CFCM gegenübersteht ist die Schaffung von Bedingungen, die das Entstehen einer muslimischen Theologie ermöglichen, die eine harmonische Eingliederung des Islam in die laizistische Staatsform begünstigt. Gleichsam muss der CFCM auch die Bedürfnisse der Basis berücksichtigen. Diese Aufgabe ist nicht einfach, da zum Beispiel viele muslimische Laiengläubige die Legitimität des Rates nicht anerkennen.