Avec l’islam devenu la deuxième religion de France, l’Etat s’est trouvé dans la condition nécessaire d’avoir un interlocuteur pour représenter les différentes communautés islamiques présentes sur le territoire. D’où l’initiative née en 1989, de Monsieur Pierre Joxe, alors Ministre de l’Intérieur et des Cultes, d’aider à la création d’un conseil musulman qui puisse discuter avec l’Etat sur le territoire.
Dix ans plus tard, en 1999, le ministre Pierre Chevènement a tracé un inventaire de toutes les organisations qui dirigent le culte musulman, et les a invitées à dialoguer avec le Ministère pour définir la forme que devrait avoir le Conseil. Quatre organisations principales se sont imposées:
1. La mosquée de Paris et son réseau d’imams nommés par le gouvernement algérien.
2. L’Union des Organisations Islamiques de France, bien structurée et avec une influence qui va au-delà du réseau des mosquées officiellement affiliées.
3. La Fédération Nationales des Musulmans de France, devenue dans le temps un regroupement essentiellement marocain.
4. Le mouvement Tabligh, au début très incertain parce que préoccupé de conserver son caractère piétiste, participe toutefois, mais de manière discrète.
Au Conseil se sont ajoutés ensuite deux autres populations musulmanes: les Turcs, dont les organisations ont été historiquement toujours actives dans la gestion du culte, et les Africains sub-sahariens, avec la Fédération des Associations islamiques d’Afrique, des Antilles et des Comores. Après avoir repéré les organisations principales, on a choisi six grandes mosquées: Evry, Mantes-la-Jolie, Lyon, celle du Sud de la France à Marseille, Saint-Denis qui n’a pas encore été bâtie, et la mosquée Addavara à Paris.
Enfin, le Ministère a élu six personnalités représentatives.
Le début du Conseil a été difficile. Depuis 1999, 63 Commissions ont travaillé à la rédaction d’un statut. De nombreux problèmes qui se présentaient concernaient la demande faite par chaque organisation d’avoir ses propres représentants. En 2002, sur la pression et sur l’engagement constant du Ministre de l’Intérieur, on en arrive finalement au statut de la Commission qui prévoit les modalités des élections des représentants du Conseil Français du Culte Musulmans. Les premières élections ont eu lieu les 6 et 13 avril 2003. La première réunion du Conseil d’administration du CFCM a eu lieu le 3 mai. Le CFCM commence ses activités. Et les musulmans, pour la première fois ont une représentation à la table de la République.
Le grand défi du CFCM est de gérer et de créer des conditions qui permettent de faire naître une théologie musulmane qui permette une intégration harmonieuse de l’islam dans le domaine républicain laïc. Dns le même temps, le CFCM doit tenir compte des exigences de la base. Le problème n’est pas facile avec les musulmans laïcs, par exemple, qui n’en reconnaissent as la légitimité.