Con el Islam convertido en la segunda religión de Francia, el Estado se ha encontrado en la necesidad de tener un interlocutor que representara las diversas comunidades islámicas presentes en el territorio. De aquí ha nacido la iniciativa en 1989 del Ministro de Interior y de Cultos, Pierre Joxe, de favorecer el nacimiento de una consulta musulmana que pudiera dialogar con el estado.
Diez años después, en 1999, el ministro Chevenement redactó un inventario de todas las organizaciones que administran el culto musulmán y las invitó a dialogar con el ministerio para definir la forma que tendría que tener la Consulta. Se impusieron cuatro principales organizaciones:
1. La mezquita de París y su red de Imán nombrados por el gobierno argelino.
2. La unión de las Organizaciones Islámicas de Francia, bien estructurada y con una influencia que va más allá de la red de las mezquitas oficialmente afiliadas.
3. La Federación Nacional de los Musulmanes de Francia que se ha convertido en el tiempo en una agrupación esencialmente marroquí.
4. El movimiento Tabligh, al inicio muy incierto porque estaba preocupado por conservar su carácter pietista, participa en todo caso en parte mínima.
En la Consulta se han añadido después otras dos poblaciones musulmanas: los turcos - cuyas organizaciones históricamente han sido siempre activas en la gestión del culto - y los africanos subsaharinos con la Federación de las asociaciones islámicas de África, de las Antillas y de las Comores.
Después de haber individualizado las principales organizaciones, se eligieron seis grandes mezquitas: la de Evry; de Mantes-la-Jolie; la gran mezquita de Lión; la gran mezquita del Sur de Francia, en Marsella; la gran mezquita de Saint Denis, que no ha sido erigida todavía, y la mezquita Addavva en París.
Por último el Ministerio eligió seis personalidades representativas.
El estreno de la Consulta fue difícil. Desde 1999, 63 Comisiones han trabajado en la redacción de un estatuto. Han sido muchos los problemas que se han presentado, concernientes a la petición realizada por cada organización de tener sus propios representantes. En el 2002, detrás de la presión y el constante empeño del ministro de interior, sale por fin a la luz el estatuto de la Comisión que prevé la modalidad de las elecciones de los representantes del Consejo francés del Culto musulmán. Las primeras elecciones se produjeron el 6 y 13 abril del 2003. La primera reunión de la Junta de administradores del Cfcm es del 3 de mayo. El Cfcm inicia su actividad. Y los musulmanes tienen, por primera vez, una representación en la mesa de la República.
El gran desafío del Cfcm es administrar y crear condiciones en las que pueda emerger una teología musulmana que permita una integración armoniosa del Islam en el espacio republicano laico. Al mismo tiempo el Cfcm tiene que tener en cuenta las exigencias de base. Problema de no fácil resolución con los musulmanes laicos, por ejemplo, que no reconocen su legitimidad.